“仪制司和军务司这些日子辛苦了，等熬过这一段日子，孤特准两司休沐十日。”所谓软硬兼施，郑克臧用杀何佑表示自己的强硬，但一味的强硬也是不可取的，所以他又以爵禄也赏功。“下面的官兵怕也等不及了吧，那就开始吧。”
　　新近转任仪制司司官的许明廷向脸色同样发青发暗的林珩做了一个隐蔽的手势，林珩苦笑的站了出来，举起手中长长的卷轴布达着：“兹赐东宁参战各部以铜制癸亥战役嘉章，并赐各部将士伤残、克敌、决死、铁壁等银铜嘉章，赐各部将官甲乙丙丁四等智勇、武勇、武韬嘉章，细目将由各镇监督布达。”[]
　　这是普惠奖人人有份，因此大家伙还不是很重视，但接下来重头戏开始了：“授洪拱柱为翦虏伯、张学尧为镇虏伯、何乾为定虏伯、毛洪言为荡虏伯，各加实封一百二十户”
　　“改授王进功为平西伯、加实封八十户，加定西伯吴淑实封七十户。”以上都是世爵，能得到的只有少部分人，而更多的人则希望自己的名字能在稍后出现。“孙有劳、黄良弼、徐青、郭楷、闫刚加以上十二人指挥使。”
　　“吴潜、陈敦文、林珩、郑英平加以上十七人指挥使同知。”林珩念得口干舌燥，但他算是痛并快乐着，要知道文官中就他跟原警察司司官郑英平的爵位最高了，当然这并不是因为他是赏赐名单的拟定者，而是他们两人沾了点军功的边。“乐珉越、汤保意、黄东屏、蔡谦、郁平、洪磊、柯平、郑斌加以上三十七人为指挥使佥事。”同样蔡谦、郁平的名字能在几位参政、参议之前也是因为他们是跟大战或多或少有那么点关系。“古晋、陈乐、李景以上一百七十九人为正千户。”
　　得到副千户以下的赏赐的人就更多了，其中童子军中就有林康、麻英、安龙等二十七人得此殊荣，至于等而下之的卫镇抚、百户、试百户、所镇抚加起来足足有参战的郑军总数的十分之一，因此林珩说什么也读不下去了。
　　“其余恩赏将由各镇自行布达，凡有异议者可想军律司呈报”
　　借着斩杀何佑和大规模封赏所收拢的军心，郑克臧宣布将对现有郑军统一实施改编，根据他的计划，改编方案将分陆师和水师两个部分。
　　水师部分因为主力尽丧，所以相对简单。郑克臧将幸存的郑军水师二千余人及投诚的清军水师三千余人和童子军水师进行了混编。混编之后的新郑军水师约七千人，分为鹿港、澎湖、淡水、打狗、台江五队。

　　鹿港队二千人，拥有千料福船十五艘、八桨快哨船十二艘，负责在鹿港至淡水间巡航，统领由原水师将官黄初旭担任；澎湖队二千五百人，拥有千料福船二十艘、八桨快哨船十五艘，负责澎湖至鹿港之间巡航，统领由麻英升任；淡水队由童子军远航营扩充，编制有一千五百人，配属飞天号等夹板船八艘，负责在东宁至宾童龙之间的巡航，统领由巩天接任；打狗队是以猎鲸营和琉球营为老底扩编的，目前有五百人、福船十五艘，依旧以远洋捕鲸为主，统领由原猎鲸甲营营官颜道及出任，其不足人员由鹿港、澎湖、打狗三队轮流抽调并由台江队输送部分人员加入，该队的主要责任依旧是在没有大战的前提下保持水师官兵的斗志、磨砺他们的血勇；台江队则由双桅通讯船、独桅纵帆船、福船、鸟船、赶缯船、双帆艍船各两艘编成，作为事实意义上的水师学堂，台江队将负责对各队水手及武官进行操船、针路等方面的基础培训和指挥单一战船及小船队的进阶训练，该队统领由猎鲸乙营营官唐慎之出任。
　　郑克臧预计在未来两年内将台江队的职责移交给淡水队，在移交职责及部分舰船的同时，台江队将逐渐接收新建的夹板船，使之成为与打狗队一样的远航舰队。等台江队完成换装之后，郑克臧还将再陆续为鹿港、澎湖两队换装，最终郑军水师将实现主力夹板船化，只保留淡水队作为一支己训练、实践一体的混合舰队。
　　由于在淡水队完成换装之前，明郑无力把太多的力量投放到大陆，为了防止清军可能的反扑，所以陆师的整编也刻不容缓。为此，郑克臧首先宣布以童子营为幼武学，并以童子营的模式组织了武学。今后幼武学提供下级武官，而武学则负责普通士卒晋升武官的教训以及武官的进阶强化教学任务。
　　武学的设立让郑克臧有名义将大量的原郑军中级将领调入学习或是充任教习，再加上之前将黄良弼、徐青等镇将转入文途，原本对郑克臧不服帖的原郑军各大军头已经不复存在了，所以郑克臧得以进行下一阶段的军事改革。

　　永历三十七年十一月初一，郑克臧正式下令将郑军原来各镇的名号统统取消，至于镇将、总兵、副将、监督、监理、协将等官位也一并开缺。随后，郑克臧又对童子军的体制进行改良，以此重新组建了左右武卫、左右虎卫、左右勇卫等六师。
　　所谓“师”，并非郑克臧依据方明的记忆在杜撰一个编制，要知道在《易经?师卦注》中有“多以军为名，次以师为名，少以旅为名”一说，《疏》中也有“春秋之时，虽累万之众，皆称师”的注释，《周礼?地官?小司徒》中有“五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师”的明确编制，东汉许慎在《说文》更明确指出“师，二千五百人为师”。
　　当然郑克臧的编制要略大一些，他以一个师辖三个团，每个团辖六个哨。说到“团”，其实就原来的标，早在西魏、北周时，当时的军队就以“团”作为一级组织，不过当时并没有明确的标准说一团应该有多少兵马，到了隋代，曾以一百人为一队，步兵二十队为一团，骑兵十队为团，而唐朝府兵制度中每团的兵力被明确为三百人，郑克臧的团则相对接近隋制。至于“哨”则是原来的“营”，唐制营通常辖两到三个团，为了不让人误会上下级之间的关系，因此郑克臧才特意把“营”换成了“哨”。
　　新的编制表里哨的建制基本不便，每哨下辖五十人的刀盾、火铳、长矛各一队，另外还有直属的辎兵班、令兵组各一，正六品承信校尉衔的哨官、从六品忠显校尉衔的副哨官、正七品忠武校尉衔的哨参军、从七品护军校尉衔的哨监察各一员，此外还有哨旗手、哨鼓手各一，火兵三人，如此全哨合计一百八十人。
　　一团六哨，其中四哨是战斗兵，另外两哨分别是炮军哨和辎兵哨。炮军每哨装备三寸炮三门，二寸炮六门，火力比原来“标”一级中只有三门二寸炮要强了数倍。除了这六哨之外，每团还有令兵一班，正四品飞骑尉衔的团统制、从四品云骑尉衔的团副统制、正五品武骑尉衔的团参军长各一员，正六品承信校尉衔至从七品护军校尉衔的团参军若干员，从五品昭信校尉衔及从六品忠显校尉衔的团监军各一员，再加上团旗护卫班、团中军医郎中等，全团共计官兵一千一百二十员。

　　每师除了上述三团以外，还有直属的骑军哨、三寸半（12磅）炮军哨、辎兵哨以及配置板甲或瘊子甲的跳荡哨及中垒（工兵）各一哨，再加上正二品副将军衔的师都统制、从二品轻车都尉的师副都统制、正三品骑都尉衔的师总参军、从三品骁骑尉衔的师总监军各一员，正四品飞骑尉衔至正六品承信校尉衔的师参军若干员，从四品云骑尉衔至从五品昭信校尉衔的监军协理、断事官若干员，师传令中军一队、探马队、师旗队等在内，全师共计四千二百人。不过由于明郑的人力不足，因此各师、团、哨中的缁兵、中垒及部分炮手等都由黑奴充当，由此每师中汉兵二千八百人，奴军一千四百人。
　　郑军陆师在战前共有各卫镇一万五千人、童子军两镇四千二百人、地方汛兵三千余。东宁战后，三者的总数下降到了一万八千人。其中部分伤者可以重返部队，但大多数却只能回家耕种，所以郑克臧将跟随林贤在蚶西港投降的普通清军打散后重新编入，不过饶是如此，郑克臧还是只能先编出六个师和二千驻屯汛兵。
　　除了上述部队以外，郑克臧还抽调出一千人的兵力组建了安平留守司，统一管理大员及北汕尾岛上的两处重炮要塞及其守备，并将原来八十人的安平城侍卫队伍扩大到了二百人，至于安平城的守备任务，在銮仪卫镇取消之后则由各师依次轮戍。
　　作为郑克臧全面掌握郑军的象征，参军司改名为参军院，地位升格为与政事堂并列，定西伯吴淑被任命为了总章参军事，还在养伤林升以及原中提督、翦虏伯洪拱柱受命成为同佥总章参军事，以上三人将协助郑克臧指挥军令。
　　而作为童子军系统掌握郑军的标志，孙有劳、何乾、毛洪言三人分别就任左虎卫、左武卫、右勇卫三师师统制，古晋、乐珉越、陈乐、汤保意等童子军各协的协统则分别升任了右虎卫、右武卫、左勇卫三师副都统制和安平留守司留守，林康、洪辉、安龙、叶钊等甲寅期的童子军或晋升各师参军、各团参军长或成为师团监军或个别出类拔萃的还晋升各团副统制、实权哨官，就连一部分乙卯生也成长为了各哨的哨官、副哨官