本朝在开国之初曾经设立过丞相的职位，但前后三人都为太祖洪武皇帝所杀，并下令从此不再设置，以后有敢于建议复设丞相者，全家处死。经过一个时期，内阁大学士在某种程度上就行使了丞相的职权。但从制度上来说，这种做法实有暧昧不明之处。
　　大学土原来属于文学侍从之臣。由于殿试时文理出众，名列前茅，就可以进入翰林院，给予博览群书的深造机会。翰林几经升转，其中最突出的人物就可以被任命为大学士，供职于文渊阁，其职责为替皇帝撰拟诏浩，润色御批公文的辞句。由于文渊阁是皇帝的文书机构，和皇帝最为接近，在不设丞相的情况下，这个机构的职权就由于处理政事的需要而越来越大，大学土一职也变成了皇帝的秘书而兼顾问，虽然他们并不负有名义上的行政责任。
　　在万历的祖父嘉靖皇帝以前，内阁大学士为3至6人，皇帝可能对其中的一人咨询较为频繁，但从名义上说，他和另外的几位大学士仍然处于平等的地位。这以后情况发生了变化，张居正名为首辅或称元辅，其他大学士的任命则出于他的推荐，皇帝在圣旨中也明确规定他们的职责是辅助元辅办事。大学土之中有了主次之分，造成了今后朝臣之间的更加复杂的纠纷局面。
　　本朝这种以阁臣代行相职的制度，来源于开国之君为了巩固政权而做出的苦心设计，目的是使皇权不被分割，也不致为旁人取代。这种皇帝个人高度集权的制度在有明一代贯彻始终。从理论上讲，皇帝的大权不应旁落，但这种理论并不总是能和实际相一致的。万历皇帝9岁临朝，又如何能指望他乾纲独断，对国家大事亲自来做出决定？多年之后，万历皇帝回顾当时的情形，也会清楚地记得他不过是把大伴冯保的指示告诉元辅张先生，又把元辅张先生的票拟按照大伴冯保的建议写成朱批。对于年幼的万历皇帝，张、冯两人都不可或缺。但在他冲龄之际，自然也决不可能预见到内阁大学土和司礼太监的密切合作，会给今后的朝政带来多么严重的后果。
　　一般人往往以为明代的宦官不过是宫中的普通贱役，干预政治只是由于后期皇帝的昏庸造成的反常现象，这是一种误解。诚然，有不少宦官出自贫家，因为生活困难或秉性无赖而自宫，进入内廷。但如果把所有的宦官统统看成无能之辈，不过以阿谀见宠，因宠弄权，则不符事实。从创业之君洪武皇帝开始，就让宦官参预政治，经常派遣他们作为自己的代表到外国诏谕其国王，派遣宦官到国内各地考察税收的事情也屡见不鲜。自己中叶以后，宦官作为皇帝的私人秘书已经是不可避免的趋势。皇帝每天需要阅读几十件奏章，这些奏章文字冗长，其中所谈的问题又总是使用儒家的传统观念和语言来加以表达，很不容易弄清其中问题的主次和它的真正含义，更不用说还夹杂了极多的专门名词和人名地名。所以皇帝必须委派五六名司礼监中的太监作为“秉笔太监”，由他们仔细研究各种题本奏本，向自己作扼要的口头汇报。秉笔太监阅读研究这些奏章需要付出很大的耐心和花费很多的时间，他们轮流值班，有时要看到夜半，才能第二天在御前对奏章的内容作出准确的解释。经过他们的解释，皇帝对大多数的奏章就只需抽看其中的重要段落、注意人名地名就足够了。（对俊帝阅读过的奏章，通常都要送到文渊阁由内阁大学土票拟批答。从道理上说，皇帝可以把大学士的票拟全部推翻而自拟批答。但这并不是常见的现象，因为这种做法表示了他对大学土的不信任，后者在众目股股之下会被迫辞职。按本朝的传统原则，为了保持政局的稳定，如果没有特殊事故，大学士决不轻易撤调，所以上述情况是必须尽量加以避免的。一个精明的皇帝能够做到让大学士的票拟永远体现自己的意图而不发生争执，这种微妙的关系又少不了秉笔太监的从中协调。

　　仅凭皇帝的宠信，目不识丁的宦官被摆升为御前的司礼太监，在本朝的历史上虽非绝无仅有，但也屈指可数。一般来说，秉笔太监部受过良好的教育。当他们在10岁之前，就因为他们的天赋聪明而被送入宫内的“内书堂”，也就是特设的宦官学校。内书堂的教师都是翰林院翰林，宦官在这里所受的教育和外边的世家子弟几乎没有不同；毕业之后的逐步升迁，所根据的标准也和文官的仕途相似。有些特别优秀的秉笔太监，其文字水平竞可以修饰出于大学士之手的文章辞藻。所以他们被称为秉笔，在彻前具有如上述的重要地位，决非等闲侥幸。
　　他们和高级文官一样服用啡色袍服，以有别于低级宦官的青色服装。有的人还可以得到特赐蟒袍和飞鱼服、斗牛服的荣宠。他们可以在皇城大路上乘马，在宫内乘肩舆，这都是为人臣者所能得到的最高待遇。他们的威风权势超过了六部尚书。但是这种显赫的威权又为另一项规定所限制：他们不能走出皇城，他们与文官永远隔绝，其任免决定于皇帝一个人的意志，他们也只对皇帝直接负责。
　　这种秉笔太监的制度及其有关限制，如果执行得当，皇帝可以成为文臣和太监之间的平衡者，左提右挚，收相互制约之效。然而情况并不能经常如此。前几十年就曾出现过刘道这样权倾朝野、劣迹昭著的太监，到此时，冯保既与张居正关系密切，而推一足以驾驭他的皇帝又正值冲龄，因时际会，他就得以成为一个不同于过去“无名英雄”式的宦官。当然，在小皇帝万历的心目中，绝不会想到他的大伴正在玩弄权力，贻害朝廷。冯保给人的印象是平和谨慎，虽然算不了学者，但是喜爱读书写字，弹琴下棋，有君子之风。他之得以被任为司礼太监，也有过一段曲折。原来的嘉靖时期，他已经是秉笔太监之一。隆庆时期，他被派掌管东厂。东厂是管理锦衣卫的特务机构，乃是皇帝的耳目，根据过去的成例，管厂者必升司利太监。而由于他和大学士高拱不睦，没有能够升任这个太监中的最高职位。直到万历即位，高拱被逐，他才被太后授予此职。
　　1577年秋天，朝廷上又发生了一起严重的事件。大学士张居正的父亲在湖广江陵去世，按规定，张居正应当停职，回原籍守制，以符合“四书”中所说的父母三年之丧这一原则。张居正照例报告丁忧，这使得万历大为不安。皇帝当时虽然已经历岁，但是国家大事和御前教育仍然需要元辅的不可缺少的襄助。再说过去由于地位重要而不能离职的官员，由皇帝指令“夺清’而不丁忧守制，也不是没有先例。于是皇帝在和两位皇太后商量之后，决定照此先例慰留张先生。在大伴冯保的协助之下，皇帝以半恳请半命令的语气要求张先生在职后丧。张居正出于孝思，继续提出第二次和第三次申请，但都没有被批准。最后一次的批示上，皇帝还说明慰留张先生是出于太后的鼓旨。这些文书从文渊阁到宫内来回传递，距离不过1000米内外，但是有意思的是不论是秦章或者未批还都要送到午门的六科廊房发钞，使大小官员得以阅读原文，了解事情的全部真相。
　　然而官员们的反映并不全如理想。他们不相信张居正请求离职丁忧的诚意，进而怀疑夺情一议是否出自皇室的主动。翰林院中负责记述本朝历史的各位编修均深感自身具有重大的责任。因为他们的职责就是要在记述中体现本朝按照圣经贤传的教导办事的精神，如果没有这种精神，朝廷就一定不能管理好天下的苍生赤子。统治我们这个庞大帝国，专靠严刑峻法是不可能的，其秘诀在于运用伦理道德的力量使卑下者服从尊上，女人听男人的吩咐，而未受教育的愚民则以读书识字的人作为楷模。而这一切都需要朝廷以自身的行动为天下作出表率。很多翰林来自民间，他们知道法治的力量有一定的限度，但一个人只要懂得忠孝六节，他就自然地会正直而守法。现在要是皇帝的老师不能遵守这些原则，把三年的父母之丧看成无足轻重，这如何能使亿万小民小说诚服？

　　在万历并未与闻的情况下，翰林院的几十名官员请求吏部尚书张瀚和他们一起去到张居正的私邻向他当面提出劝告，想让张居正放弃伪装，离职丁优。他们还认为，即使为张居正个人的前途着想，他也应当同意大家的意见居丧对个月，以挽回官员们对他失去的信心。但是劝说不得结果。张居正告诉他们，是皇帝的圣旨命令本人留在北京，你们要强迫本人离职，莫非是为了想加害于本人？
　　吏部尚书张瀚，一向被认为是张居正的私人。他在张居正的破格提拔下身居要职，在任内也惟有文渊阁的指示是听。当他参加了这次私础劝告以后，他就立即被人参奏，参奏中一字不提他和元辅的这次冲突，而是假借别的小事迫使他下台。这一参奏引起了官员们更大的愤怒，因为他们清楚地知道，朝廷的纠察官员即110名监察御史和52名给事中，都属于张居正夹袋中的人物，他们从来只纠察对张居正不利的人而不顾舆论。
　　官员们的愤怒使他们下定决心采取另一种方式，他们直接向万历参奏张居正。严格地说来，翰林编修上本是一种超越职权的行为，遭到反击的机会极大。但是他们熟读孔孟之书，研究历史兴亡之道，面对这种违反伦常的虚伪矫情，如果不力加净谏而听之任之，必然会影响到本朝的安危。而且，本朝历史上集体上书的成例具在，最先往往由职位较低的人用委婉的文字上奏，以后接踵而来的奏章，辞句也会越来越激烈。皇帝因此震怒，当然会处分这些上奏的人，但其他的高级官员会感到这是公意之所在，就要请求皇帝的有免，同时又不得不对问题发表公正的意见。这样就迫使整个朝廷卷入了这场争端，即使抗议失败，鼓动舆论，发扬士气，揭发纠举的目的已经达到。哪怕有少数人由此牺牲，也可以因为坚持了正义而流芳百世。
　　纠举张居正的事件按照这一程序开始。最先由两名翰林以平静的语调在奏章中提出：因为父丧而带来的悲痛，使张居正的思想已不能如以前的绵密。强迫他夺请留任，既有背于人子的天性，国家大事也很难期望再能像从前那样处理得有条不紊，所以不如准许他回籍丁忧，庶几公私两便。在两名翰林之后，接着有两个刑部官员以激烈的语气上书，内称张居正贪恋禄位，不肯丁忧，置父母之恩于个人名利之下。如果皇上为其所惑，将带给朝廷以不良的观感，因此恳请皇上勒令他回籍，闭门思过，只有如此，才能对人心土气有所挽回。
　　张居正既被参奏，就按照惯例停止一切公私往来，在家静候处置。但是暗中的活动并没有停止，他的意图会及时传达到冯保和代理阁务的二辅那里。个中详情，当然没有人可以确切叙述。我们所能知道的就是严厉的朱笔御批，参张的官员一律受到严惩。他们的罪名不在于触犯首铺而在于藐视皇帝。

　　圣旨一下，锦衣卫把4个犯官逮到午门之外。两个翰林各受廷杖60下，并予以“削籍”，即拥夺了文官的身分而降为庶民。另外两个官员因为言辞更加益很，多打20下。打完以后再充军边省，终身不赦。掌刑人员十分了然于犯官的罪恶，打来也特别用力。十几下以后，犯官的臀部即皮开肉绽，继之而血肉狼藉。受责者有一人昏死，嗣后的复苏，也被公认为是一个奇迹；另一人受刑痊愈之后，臀部变成了一边大一边小。刑罢以后，锦衣卫把半死半活的犯官裹以厚布，拽出宫门之外，听凭家属领回治疗。有一些官员向犯官致以慰问，被东厂的侦缉人员—一记下姓名，其中的某些人且在以后被传讯是否同谋。
　　皇帝的行动如此坚决而且迅速，无疑大出于反张派的意料之外。皇帝紧接着又降下敕书，内称，参奏张居正的人假借忠孝之名掩盖一个大逆不道的目的，即欺负朕躬年幼，妄图赶走辅粥，使朕躬孤立无援而得遂其私。此次给予杖责，不过是小示做戒，如果有人胆放继续顽抗，当然要给予更严厉的处罚。这样严肃的语气，等于为再敢以行动倒张的官员预定了叛逆罪，使人已无抗辩的余地。这一恐吓立即收到应有的效果。除了一名办、事进土名叫邹元标的又继续上疏弹劾以外，没有别人再提起张居正的不忠不孝。事情就此结束。最低限度在今后5年之内不再有人参劾元辅，非议夺情。至于那个邹元标，由于奏章呈送在敕书传遍百官之前，因此加思只予廷杖并充军贵州。此人在以后还要兴风作浪，这里暂时不表。
　　张居正用布袍代替锦袍，以牛角腰带代替玉带，穿着这样的丧服在文渊阁照常办事。皇帝批准了他的请求，停发他的官俸，但同时命令官中按时致送柴火油盐等日用品，光禄寺致送酒宴，以示关怀优待。倒张不遂的官员大批桂冠离职，他们推托说身体衰弱或家人有故，所以请求给假或退休。此时北京城内还发现传单，内容是揭露张居正谋逆不轨。东厂人员追查传单的印制者没有结果，只好把它们销毁，不再呈报给皇帝，以免另生枝节。
　　次年，即1578年，张居正服用红袍玉带参与了皇帝的大婚典礼。礼毕后又换上市袍角带回籍葬父。他从阳历4月中旬离京，7月中旬返京，时间长达3个月。即使在离京期间，他仍然处理重要政务。因为凡属重要文件，皇帝还要特派飞骑传送到离京1000里的江陵张宅请张先生区处。
　　张居正这一次的旅行，排场之浩大，气势之炬赫，当然都在锦衣卫人员的耳目之中。但锦衣卫的主管者是冯保，他必然会合乎分寸地呈报于御前。直到后来，人们才知道元辅的坐轿要32个轿优扛抬，内分卧室及客室，还有小撞两名在内伺候。随从的侍卫中，引人注目的是一队鸟镜手，乃是总兵戚继光所委派，而乌铁在当日尚属时髦的火器。张居正行经各地，不仅地方官一律郊迎，而且当地的藩王也打破传统出府迎送，和元辅张先生行宾主之礼。
　　队伍行抵河南新郑县，张居正见到了被废乡居的故友高拱。两人相见，恍如梦寐。张居正尽力弃嫌修好，指着自己的鬓边白发，对高拱感慨不已。高拱当时已经治病，两人见面后仅仅几个月，他就与世长辞了。张居正绝对没有预料到，他和高拱之间的嫌隙，不仅役有随着这次会面而消研，而且还在他们身后别生枝节，引出了可悲的结果。