如果说万历确有优柔寡断的缺点，他的廷臣却正在勇往直前。清算张居正的运动继续发展，事情一定要弄到水落石出。这几个月之中，几乎所有因触犯故太师而得罪的官员一律得到起复，降为庶民的复职，充军边地的召回。至于这些人所受的处分是否咎由应得，则不在考虑之列。但是清算运动还有一大障碍，就是司礼监太监冯保。他和张居正串通一气，至今还掌握着东厂的锦衣卫特务，如果不加葡除，毕竟后患无穷。于是又由冯保的下属，两个司礼监宦官出头直接向皇帝检举：万岁爷的亲信之中，以冯保最为狡猾。他假装清廉，但前后接受的贿赂数以亿万计。甚至在张居正去世之日，他还亲自到张家取出珠帘五副，夜明珠九颗，都是无价之宝。则万岁爷理应把他的罪状公布于天下，并籍役其家产。他们的说辞娓娓动听，除了冯保的遗缺司利监太监和东厂应由他们两人分别接替以外，所有想说的话都已说尽。但是皇帝还在犹豫：
　　“要是大伴上殿吵闹争辩，又当如何应付？”
　　宦官启奏：“万岁爷，冯保纵有天大的胆子也不敢如此妄为！”
　　于是依计而行，下诏宣布冯保有十二大罪，欺君合国，本应叛处极刑，姑念尚有微功，从宽发往南京闭住。这位大伴从此终身被软禁于南京孝陵，死后也葬在孝陵附近。他的财产全部被没收。因为从法律观念上来说，皇帝拥有天下的一切，私人之所以得以拥有财产，这是出于皇帝的恩典和赏赐。皇家的恩典在冯保身上一经撤去，抄家即为应有的文章，无须多作解释。没收所得的财产，虽然不能像别人所说的那样骇人听闻，但也极为可观。万历皇帝对此既喜且怒：当时皇弟潞王成婚在即，这批珠玉珍异正好用得其所；而一个宦官居然拥有如许家财，可见天子的大权旁落到了什么程度！
　　依此类推，还应该没收张居正的财产，因为他比冯保罪恶更大而且更富。但是万历一时下不了这个决心。一提到张居正，各种复杂的记忆就会在他的心头涌集。所以，在冯保被摈斥后，有一位御史继续上本参奏张居正十四大罪，皇帝用朱批回答说，张居正蔽主殃民，殊负恩眷，但是“待朕冲龄，有十年辅理之功，今已殁，姑贷不究，以全始终”。
　　然而在两年之后，即1584年，万历就改变态度而籍没了张居正的家。这一改变的因素可能有二。其一为郑氏的作用，其二为慈圣太后的干预。郑氏在1583年由淑嫔升为德妃，1584年又进为贵妃，这几年间已经成为皇帝生活中的重心。在朝臣的心目中，她不是一个安分守己的妇女，万历的种种重大措施，很难说她未曾与闻，因为对皇帝，在当时没有人比她有更大的影响。也许正是在她的影响之下，皇帝的心肠才陡然变硬。至于慈圣太后家族和张居正之间的嫌隙，已如上文所述。张居正在世之日，武清伯自己曾被申饬，受到监视，对自己的言行不得不十分谨慎检点。等到张居正一死，情况就急转直下。三个月之后，武清伯被提升为武清侯，整个朝廷的倾向，由于对张居正的怨毒而转到了对他有利的方面。他如何利用这种有利的形势而向慈圣示意，这同样也非外人能获悉。
　　在上述两个因素之外，高拱遗著的出现，在彻底解决张居正问题中起了重要的作用。高拱生前，曾经暗中和李伟结钢，希望通过李伟向皇室婉转陈辞，说明加在他身上的罪状属于“莫须有”，全系张、冯两人所诬陷。当时李伟自身难保，高拱这一愿望因此无由实现。现在张居正已经死后倒台，但皇帝还没有下组情辣手，这时高拱的遗著《病榻遗言》就及时地刊刻问世。书中历数张、冯的罪恶而为自己洗刷，主要有两大问题。

　　第一，高拱坚持他在隆庆皇帝驾崩以前就已看出了冯保的不端并决意把他摈斥。冯保一贯卖官盟爵，但最为不可忍受的是，当1572年皇太子接见百官时，他竟利用扶持之便，站在宝座旁边不肯退走。百官向皇太子叩头行礼，也等于向Yan人冯保叩头行礼。这种做法充分暴露了他的狼子野心。书中接着说，当著者摈斥冯保的行动尚未具体化之前，冯保抢先下了毒手，和张居正同谋，骗得了皇太后的御旨，把自己逐出朝廷。著者承认，他当时确实说过皇上只有9岁，但并没有任何不敬的话，而只是说新皇帝年轻，怕为宦官所误，有如正德皇帝14岁登极后的情况一样。张、冯二人却把他的话故意歪曲，以作为诬陷的根据。第二，即所谓王大臣的案件。1573年阳历2月20日，也就是万历登极、高拱被逐以后半年，当日清晨有一个人乔装宦官在宫门前为卫土拘留。经讯问，此人供称名王大臣，以前在别人家里充当仆役，现在没有雇主。这种闲杂分子在禁卫森严的富门口出现而被拘留询问，过去也不止一起地发生过，但这个王大臣究竟目的何在，则始终没有弄清楚。
　　《病榻遗言》的作者高拱，坚决声称王大臣来自总兵戚继光的麾下。戚继光当时正在张居正的提拔下飞黄腾达，要是这个莫名其妙的王大臣果如高拱所说，岂不要招来极大的麻烦？经过一番策划，冯保等人定下了反守为攻之计，决定借用王大臣作为把高拱置于死地的工具。于是而深就将两把精致的短剑放在王大臣衣服内，要他招认是受高拱派遣，前来谋害当今皇帝。如果王大臣的口供得以成立，他可以无罪并得到一大笔报酬。张居正则运动朝讯此案的文官，要他们迅速结案，以便处死高拱灭口。
　　冯、张的计划没有实现。负责审讯的文官不愿参与这项阴谋。王大臣也觉悟到如果供认谋利皇帝，下场决不能美妙到不仅无罪，而且领赏，于是在东厂主持的初步审讯中翻供，暴露了冯保的教唆和陷害。这时冯保陷入困境，乃以毒药放在酒内，通令五大臣喝下去，破坏了他的声带。两天之后公开密问，由于犯人已经不能言语，无法查出真正的结果。王大臣仍然被判死刑，立时处决，以免牵累这项阴谋的参与者。
　　皇帝听到这一故事，距离发生的时候已有10年。他虽不能判断这一切是否全系真实情况，但至少也不会毫无根据。因为他还模糊地记得，10年以前，宦官告诉他有坏人闯进宫内，而且张先生叮嘱皇帝要谨慎地防备这种图谋不轨的报告，还仍在文书档案之内。他满腹狐疑，立即命令有关官员把审讯王大臣的档案进脚前查阅。查阅并无结果。因为审讯记录上只写着王大臣胁下藏有短剑两把，别无详情，此案的结果则是王大臣经过审讯后在1573年阳历3月25日处决。这一重案竟如此不了了之，使已经成年的皇帝大力不满。他一度下旨派员彻底追查全案，后来由大学上申时行的劝告而中止。申对行说，事情已经过去周年，除了冯保以外，所有与本案有关的重要人物都已去世，如果再作清查，不仅水落石出的可能性甚少，于事无补，反而会有不少人无端被牵连，引起不安。
　　高拱在生前就以权术闻名于朝官之间。这一《病榻遗言》是否出自他的手笔还大可研究。即使确系他的手笔或系他的口述，其中情节的真实性也难于判断。但当日确有许多人坚信书中所述真实不虚，许多证据十分可靠。遗憾的是此书问世之时，差不多所有能够成为见证的人都已离开了尘世。

　　此书内容的可靠程度可以另作别论，但至少，它的出版在朝野都产生了极大的影响，成为最后处理张居正一案的强烈催化剂。在这以后，在万历皇帝时张先生回忆之中，连勉强保留下来的一部分敬爱也化为乌有。他发现，他和他的母后曾误信张居正的所作所为是出于保障是位的忠诚，而现在看来，张居正不过是出于卑鄙的动机而卖友求荣，他纯粹是一个玩弄阴谋与权术的人。
　　更加严重的问题还在继续被揭发。有一种说法是张居正生前竟有谋反篡位的野心，总兵戚继光的精锐部队是政变的后盾。持这种说法的人举出两件事实作为根据。其一，一次应天府乡试，试官所出的题目竟是“舜亦以命禹”，就是说皇位属于有德者，应当像舜、禹之间那样，实行禅让。这样居心险恶的题目，对张居正为劝进，对天下为舆论的准备。其二，张居正经常处于佞幸者的包皮皮皮围之中，他们奉承张居正有人主之风，而张居正竟敢含笑不语。对于前者，即使真像旁人所说，过错也并不能直接归于张居正；对于后者，不妨目之为骄奢惜罔，这些都还可以容忍。最使万历感到不可饶恕的是张居正对别人奉承他为当今的伊尹居然安之若素。伊尹是商代的贤相，辅佐成场取得天下。成汤去世，又辅佐他的孙子太甲。太甲无道，伊尹就废之而自代。经过三年，直到太甲海过，伊尹才允许他继续做两朝的君主。由于十年来的朝夕相处，万历对张居正毕竟有所了解，他并不相信张居正具有谋逆篡位的野心，然而张居正以师尊和元辅的身分经常对皇帝施加压力，难道不正是当年伊尹的翻版吗？张居正成了伊尹，皇帝自己又岂非无道的太甲？
　　对于张居正及其遗属的处理，在1583年夏季以前，万历已经掀夺了张居正三个儿子的官职，撤销了张居正本人生前所得到的太师头衔。尽管情况仍在进展，但是他仍想造可而止，以全始终。又过了一年，即1584年阳历5月，辽王的王妃控诉张居正生前出于个人恩怨，又为了滚夺府邻而蒙蔽圣聪，废黜辽王，理应籍没。这时万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥，实属罪无可道，因此下决心同意了这一请求。对对
　　张居正死后两年再被抄役家财，在技术上还造成了一些更加复杂的情况。按本朝的习惯，所抄役的家财，应该是张居正死后的全部家财，这两年之内被家属花费、转移的物资钱财必须全部追补，即所谓“追赃”。而应该追补的数字又无法有确切的根据，所以只能根据“情理”的估计。张居正生前毫无俭约的名声，负责“追赃”的官员即使意存袒护，也决不敢把这个数字估计过低。张居正的弟弟和儿子在原籍江陵被拘留，凑缴的各种财物约值白银10万两以上。这个数字远不能符合估计，于是执行“追赃”的官员对张居正的长子张敬修严刑拷打。张敬修供称，确实还有白银30万两寄存在各处，但招供的当晚他即自缢身死，几天之后，张家的一个仆人也继而自杀。
　　抄役后的财物110台被抬进宫门，其中包皮皮皮括御笔四纸，也就是当年皇帝赏赐的、称颂张先生为忠臣的大字。财物中并没有值得注意的珍品。万历皇帝是否亲自看过这些东西或者他看过以后有无反应，全都不见于史书的记载。当日唯一可能阻止这一抄家措施的人是慈圣太后，但是她并没有这样做，也许她正在为她父亲武清侯李伟的去世伤掉不已而无心置问。李伟死后被封为国公，并允许长子袭爵。要是张居正还在，这种本朝未所有的殊荣旷典是决不可能被授予的，他一定会用爱惜朝廷名器这一大题目出而作梗。仅凭这一点，慈圣太后也不可能再对张居正有任何好感。

　　在抄家之后，有两个人呈请皇帝对张居正的老母额外加恩。万历一面批准以空宅一所和田地1000亩作为赡养，一面又指责了这两个呈请者。大学土申时行遭到了温和的申诫，刑部尚书潘季驯则由于夸大张氏家人的惨状而被革职为民。对对
　　事态既然发展到这一地步，万历已经无法后退。对这两年的一切措施，也有必要向天下臣民作出交代。要说张居正谋逆篡位，一则缺乏证据，二则对皇室也并无裨益，所以，在抄家4个月之后，即1584年阳历9月，才正式宣布了总结性的罪状：“诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，宿制言官，蔽塞朕聪，专权乱政”，本当剖棺戮尸，仅仅因为他多年效劳，姑且加恩宽免。他的弟弟和两个儿子被送到烟瘴地面充军。
　　元辅张居正死后被清算，大伴冯保被驱逐出京，皇帝至此已经实际掌握了政府的大权。但是不久以后，他就会发觉他摆脱了张、冯之后所得到的自主之权仍然受到种种约束，即使贵为天子，也不过是一种制度所需要产物。他逐渐明白，倒掉张居正，真正的受益者并不是他自己。在倒张的人物中可以分为两类。一类人物强硬而坚决，同时又顽固而拘泥。张居正的案件一经结束，他们立即把攻击的目标转向皇帝。在劝谏的名义下，他们批评皇帝奢侈懒惰，个人享乐至上，宠爱德妃郑氏而冷落恭妃王氏，如此等等。总而言之，他们要把他强迫纳入他们所设置的规范，而不让他的个性自由发展。另一类人物则干脆是为了争权夺利。他们利用道德上的辞藻作为装饰，声称只有他们才能具有如此的眼光及力量来暴露张冯集团的本质。而张冯被劾之后在朝廷上空出来的大批职务，他们就当仁不让，安排亲友。
　　现在到了1587年，万历皇帝还只有24岁，但登上天子的宝座却已经15年了。对他来说，这15年似乎显得特别漫长，因为有许多重复的事件和不变的礼仪要他去应付，即使是一年以前，他的爱妃郑氏生下量子常询，也并不能给他多少安慰。接近他的人可以看出，皇帝陛下正在越来越感到生活的单调和疲劳。上一年，他主持殿试，试题的内容是“无为而清’，他对生活的厌倦已经越出了内心世界而要开始见诸行动了。
　　然而万历陛下的一朝，是本朝历时最长的一朝。此后还有很多的事情要在他当政的年代里发生，1587年不过刚刚是一个契机。这一年阳历7月，正当元辅张居正先生去世5周年，皇帝端坐深宫，往事又重新在心头涌现。他降谕工部，要工部如实查报，张居正在京内的住宅没收归官以后作何区处：是卖掉了，还是租给别人了？如果租给别人，又是租给谁了？工部的答复役有见于记录。司巨大约史官认为记载了这道上偷，已经可以表明皇帝当时微妙复杂的思绪，至于房屋或卖或租，对国家大事则无关紧要，就不必琐碎地加以记录了。